Camii on dört yaşında ve on dördüncü Osmanlı sultanı olarak tahta çıkan Sultan Birinci Ahmed Han yaptırmışdır. Daha önce Rüstem Paşa Sarayı’nın da bulunduğu yerini bizzât Sultan beğenip seçmiştir. Mimarı Mehmed Ağa olup Mimar Sinan’ın çıraklık eserim dediği Şehzadebaşı Camii örnek alınmıştır.
9 Kasım 1609’da bütün devlet erkânı, alimler ve halkın da hazır olduğu bir cemiyetle temele ilk kazma vuruldu. Temel önce Şeyhülislâm Mehmed Efendi ile devrin büyük âlimi Aziz Mahmûd Hüdâyî Hazretleri ve vezirler, sonra da halk tarafından dualarla kazılmaya başlandı. Temel işinde padişah, eline aldığı kazma ile yoruluncaya kadar çalıştı ve eteğine toprak doldurup “Yâ Rab! Ahmed kulunun hizmetidir, dergâhında kabul eyle…” diyerek ırgatlarla temelden toprak taşıdı. Yedi senede tamamlandı.
Camiin inşâsı sırasında İslâm âleminde altı minare yalnız Mekke-i Mükerreme’de Harem-i Şerîf’te bulunuyordu. Sultan, Harem-i Şerîf’e hürmetinden dolayı Harem-i şerîfe yedinci minareyi yaptıktan sonra camiine altı minare yapılmasına ruhsat vermiştir. Binânın tamamlanmasına “le-nı’me dâru’l-müttakîn” 1026 (mîlâdî 1617) tarih düşürülmüştür