İlk medrese M. 1010’da Nisâbur’da “İbn-i Fûrek” tarafından tesîs edilmiştir. Bundan sonra ilk inşâ edilen medrese İmâm Beyhakî tarafından “Medresetü Beyhakiyye” ismiyle inşâ edilendir. Medreseler beşinci asrın ortasına doğru süratle yayılarak, mükemmel bir hâle gelmişlerdir.
H. 457 (M.1065) senesinde Selçuklu Sultanı Melikşâh’ın vezîri Nizâmülmülk’ün tesîs edilip Ebû Saîd es-Sûfî’nin nezâret ettiği Dicle kenarında ki Nizâmülmülk medresesinin yüzlerce talebesi vardı. Talebenin her türlü ihtiyaçları meccanen karşılanıyordu. Hatta her bir talebeye hademe de tahsîs edilmişti. İslâm âleminde pek ehemmiyeti bulunan bu üniversitede Ebû İshâk Şîrâzî, İmâm Ebû Nasr Sabbâğ, Ebû’l-Kâsım Debûsî, İmâm-ı Gazâlî, Şâşî, Sühreverdî, Kemâleddîn Enbâri gibi büyük âlimler ders vermişler ve kendileri gibi nicelerini yetiştirmişlerdir.
Daha sonraki asırlarda da Nûreddîn Zengi, Salâhaddîn Eyyûbî gibi emîrler İslâm memleketlerinin her tarafında medreseler inşâ etmişlerdir.
İlk Osmanlı medresesi, Hicrî sekizinci asrın ortalarında (M.1331) Sultan Orhan tarafından İznik’te inşâ olunmuştur.
Sultan Fâtih İstanbul’u fethettiğinde bu belde-i tayyibeyi aynı zamanda bir ilim merkezi yaptı. İslâm beldelerinin her tarafından âlim ve hüner sâhibi nicelerini İstanbul’da topladı. Fâtih Câmii ve etrafındaki sekiz medrese ve tetimmeleri inşâ edildi. Bunu daha pek çok ilim yuvaları takîb etti. Medreseler bir kânun altına alındı ve gelişerek devletin sonuna kadar devam etti.
Kânûnî devrinde zamanın ihtiyâcına göre ordu ve halk için birçok tabîb, cerrâh ve mühendise ihtiyâc olunca Süleymâniye Câmii yanında bir tıb medresesi ile riyâzî (Aritmetik, Geometri ve Astronomi gibi) ilimler için dört büyük medrese ve eşsiz bir de Dârüşşifâ (Hastahane) inşâ edilmiştir. Dâhil medreselerinden tahsîlini tamamlayan talebeden bir kısmı Sahn-ı Semânda “ilâhiyyât, hikemiyyât, fıkıh, hukûk derslerini, diğer kısım da Süleymâniye medreseleri denilen medreselerde “tıb ve riyâziye” derslerini okurlardı.