Sultan Murad Han, damla (gut) hastalığından dolayı yataktan kalkamayacak kadar ağırlaşınca, kardeşi Sultan İbrahim Han’ı huzuruna çağırttı ve kendisine vasiyet ve nasihatlerde bulunarak saltanatı ona teslim etti.
Sultan Murad Han, 9 Şubat 1640 günü güneş battıktan sonra, İmam Yusuf Efendi Yâsin-i Şerif okurken vefât etti. Sultanahmed Câmii avlusunda müslümanların gözyaşları ile Şeyhülislam Yahya Efendi’nin kıldırdığı cenâze namazından sonra, babası Sultan Ahmed Han’ın türbesine defnedildi.
Sultan Murad Han, hayatını devlete hizmet ve Allâhü Teâlâ’nın emir ve yasaklarına uyarak geçirmiştir. Büyük padişah, Ehl-i Sünnet hâricindeki fırkaların, bilhassa Râfızîler’in Hazret-i Ömer’e (r.a.) yaptıkları gibi birçok iftiralara mâruz kaldı. İnsanlara zulüm ettiğini, içki içtiğini ve daha nice asılsız ve çirkin iftirâları söyleyecek kadar ileri gittiler. Hâlbuki devrinin kaynaklarında, onun dînine bağlı bir mümin olduğu yazılıdır. Zâten esasında bütün Osmanlı padişahları beş vakit namazlarını hiç aksatmadan cemaatle kılan ve dînin haram kıldığı işlerden ve hatta şüphelilerden bile sakınan zâtlardır. Rahmetullâhi aleyhim ecmaîn.